Se fundó en el año 1910 por la Junta de Ampliación de Estudios y estuvo inspirada en las ideas renovadoras de la Institución Libre de Enseñanza creada por Francisco Giner de los Ríos y un grupo de profesores separados de la Universidad por defender el derecho a la libertad de cátedra, derecho suspendido en el año 1875 por el gobierno de Cánovas. Los profesores se negaron a ajustar sus enseñanzas a las directrices marcadas por el Gobierno en religión, política o moral. La Institución se marcó como objetivo prioritario impulsar una renovación cultural, científica y ética de la sociedad española a través de la enseñanza, con un sistema pedagógico moderno y progresista que primero se centró en el nivel universitario y en el bachillerato y después se extendió a la escuela primaria. En el año 1915 ocupó el edificio neomudejar de la Colina de los Chopos. Actualmente continúa en el mismo edificio. El proyecto fue del arquitecto Antonio Flórez. Estaba dotada de salas de estudio, una biblioteca muy bien surtida, un auditorio para conferencias y conciertos y laboratorios de física, química y ciencias naturales. Era, además, lugar de encuentro de intelectuales y científicos. La relación de los residentes o de los que participaron asiduamente sería interminable, podemos citar, entre otros muchos a cineastas como Luis Buñuel; pintores como Salvador Dalí, Benjamín Palencia; poetas y escritores como Federico García Lorca, Rafael Alberti, Jorge Guillén, Juan Ramón Jiménez, Manuel Machado, León Felipe, Valle-Inclán; filósofos y pensadores como Miguel de Unamuno, Eugenio d´Ors; músicos como Manuel de Falla… También es preciso mencionar al grupo de científicos como Blas Cabrera, Severo Ochoa, Santiago Ramón y Cajal, Juan Negrín, que llegó a ser Presidente del Gobierno de la República de 1937 a 1939, y otros muchos que trabajaron en los laboratorios de la Residencia. Dieron conferencias muchas personalidades de la cultura y de la ciencia españoles y extranjeros como Henri Bergson, Eistein, Paul Valery, Madame Curie, Igor Stravinski, Paul Claudel, Louis de Broglie, Max Jacob, Le Corbusier, Keynes. La relación completa sería interminable. Participaron en la Residencia numerosos Premios Nobel de las letras o científicos. Podemos afirmar que allí se fraguaron los movimientos artísticos y culturales más importantes de la época como la generación del 27 y allí se dio un serio impulso a la investigación científica que en aquellos tiempos todavía estaba muy postergada en España. Al estallar la Guerra Civil se tuvieron que suspender todas las actividades y el edificio se convirtió en hospital de campaña. Al terminar la guerra se clausuró como residencia y muchos profesores y residentes se vieron obligados a exiliarse. El talante y la ideología de la residencia eran incompatibles con el perfil fascista de la dictadura impuesta por el nuevo régimen. Con la recuperación de la democracia se rehabilitó el edificio y se volvió a abrir en el año 1986 bajo los auspicios de un Patronato en el que participan el CSIC y varias instituciones públicas como el Ministerio, la Comunidad de Madrid, el Ayuntamiento y entidades privadas. Actualmente se dedica a la recuperación de la memoria histórica de la llamada Edad de Plata de la cultura española y se celebran numerosas exposiciones y conferencias. Además, continúa funcionando la residencia para profesores y estudiantes ya graduados que están trabajando en diversos programas de investigación de las áreas más diversas.